महाराष्ट्र राज्यातील विविध सहकारी संस्थांच्या लेखापरीक्षणाची जबाबदारी लेखापरीक्षण शाखेची आहे. केंद्र शासन, राज्य शासन आणि नाबार्ड यांच्यात त्रिस्तरीय करार झाल्यामुळे राज्य शासनाला 2004 मध्ये वैद्यनाथन समितीच्या शिफारशी स्विकाराव्या लागल्या. या शिफारशी स्विकारल्यानंतर लेखापरीक्षणाचे ह्या पुर्वी जिल्हा मध्यवर्ती बँका, महाराष्ट्र राज्य सहकारी बँक आणि इतर योजना उदा : प्राथमिक कृषी सहकारी पतसंस्थांचे लेखापरीक्षणाचे अधिकार खात्याच्या लेखापरीक्षकांना होते ते आता सनदी लेखापरीक्षक आणि प्रमाणित लेखापरीक्षक यांना प्राप्त झाले. सद्यस्थितीत सनदी लेखापाल व प्रमाणित लेखापरीक्षक यांचेकडून लेखापरीक्षण करवून घेतले जाते आणि नंतर लेखापरीक्षण अहवाल खात्याकडे सादर केले जातात. महाराष्ट्र राज्य सहकारी संस्था कायदा कलम 81 (ब) अंतर्गत पतसंस्थांच्या रिट याचिका दाखल केल्या जातात. राज्य सरकारने काढून घेतलेले लेखापरीक्षणाचे जे अधिकार सनदी लेखापालांना दिलेले आहेत. त्यातील शासकीय अनुदान मिळालेल्या कलम 81 (1)(अ) अंतर्गत असलेल्या संस्थांचे लेखापरीक्षण आदेश काढून सदर शाखेकडून केले जाते.
सर्व नागरी सहकारी बँकांचे लेखापरीक्षण फक्त सनदी लेखापालांकडूनच केले जाते. अधिनियमातील कलम 83 खालील चौकशी आणि कलम 88 खालील आर्थिक देयकांबाबत कामकाज केले जाते. सतत व समवर्ती लेखापरीक्षणाचा समावेश असलेल्या वार्षिक लेखापरीक्षण कार्यक्रमाचा आढावा घेतला जातेा.