सहकार आयुक्त व निबंधक सहकारी संस्था महाराष्ट्र राज्य पुणे मधील अंदाज व नियोजनाचे संपुर्ण कामकाज पाहीले जाते. त्यामध्ये तालुका, जिल्हा,विभाग व सहकार आयुक्त व निबंधक सहकारी संस्था महाराष्ट्र राज्य पुणे येथील मुख्यालय इ. कार्यालयांचा समावेश होतो. या शाखेकडुन उपरोक्त कार्यालयाच्या अधिनस्त असलेल्या सर्व अधिकारी /कर्मचारी वर्ग यांचे वेतन ,प्रवास खर्च ,कार्यालयीन खर्च भाडेपट्टी व कर, वाहन दुरुस्ती ,पेट्रोल तेल व वंगन व इतर खर्च यासाठी लागणाऱ्या खर्चाचे अनुदान वाटप केले जाते.
त्याच प्रमाणे विविध योजनासाठी लागणाऱ्या खर्चाचे अनुदानाचे वाटप केले जाते. उदा:- डॉ. पंजाबराव देशमुख व्याज सवलत योजना (सर्वसाधारण/विशेष घटक ) औद्योगिक सहकारी संस्थांना भागभांडवली अंशदान उपसा जलसिंचन योजनांना अर्थसहाय्य.